A Pinakotheke Cultural iniciou suas atividades em 1979, como uma organização especializada no planejamento e na produção de exposições e livros. Desde então, apresentou ao público inúmeras mostras e publicações específicas. 

Em 1987, foi aberta em Fortaleza a Multiarte, que se consolidou como braço da Pinakotheke Cultural no Nordeste e que, ao longo de mais de 35 anos de existência, tem se dedicado a apresentar exposições que buscam incrementar o conhecimento sobre a arte brasileira dos séculos XIX e XX. 

Em 1994, a Pinakotheke inaugurou sede própria, com a conclusão do processo de reconstrução ambiental do terreno e de restauração dos prédios situados na rua São Clemente, em Botafogo. A nova sede conta com infraestrutura apropriada para montagem de exposições dotadas de requintados recursos de informação e comunicação; reserva técnica de obras de arte, que segue padrões internacionais de excelência; biblioteca e bases de dados sobre história da arte no Brasil. 

Em 2002, a Pinakotheke chegou a São Paulo. Desde então, o espaço acolheu importantes exposições com expoentes da arte moderna e contemporânea brasileira. A qualidade técnica dos projetos culturais, livros e exposições da Pinakotheke garantiu à instituição diversos prêmios.